Magistrado de la Audiencia Nacional entre 1988 y 2012. Lideró la investigación de causas sobre terrorismo y terrorismo de estado, narcotráfico, delincuencia económica y financiera organizada, corrupción política, extradiciones y crímenes de genocidio y contra la humanidad. De su juzgado salió la orden de arresto contra el exdictador chileno Augusto Pinochet por la muerte y tortura de ciudadanos españoles durante su mandato y por crímenes de lesa humanidad.

Consejero jurídico y portavoz de Human Rights Watch. Dedicado especialmente a la defensa jurídica de los derechos humanos, siendo denominado “Cazador de dictadores” por varios medios de comunicación. Fue el abogado principal de las víctimas en el caso del ex dictador de Chad, Hissène Habré. Coordinó las intervenciones de Human Rights Watch en el procesamiento de Augusto Pinochet.

Profesora titular en UC Hastings Law (San Francisco, California) y Presidenta de DPLF (Fundación Para El Debido Proceso) desde mayo de 2013. Experta mundial en Impunidad, Justicia Transicional y Derecho Internacional Humanitario. Ha contribuido a la defensa de los derechos humanos a través del acompañamiento legal a sectores sociales debido a su vasto conocimiento y experiencia en procesos de post-conflicto en Latinoamérica y África. Trabaja en temas de responsabilidad estatal por violaciones a derechos humanos, derecho penal internacional, reparaciones, medio ambiente y responsabilidad empresarial. Entre sus publicaciones destacan “Impunidad y Derechos Humanos en el Derecho y la Práctica Internacional” (1995) y “El Efecto Pinochet: Justicia Transnacional en la Era de los Derechos Humanos” (2005).

Fundador y presidente de Sherpa, organización en defensa de las víctimas de crímenes cometidos por operadores económicos o delitos de cuello blanco. Especialista en Derecho de las Comunicaciones y Derechos Humanos y en la defensa de las víctimas de la globalización y de los Crímenes de Lesa Humanidad. Es Miembro del Comité Internacional de Apoyo a las víctimas vietnamitas del Agente Naranja y del Proceso de Nueva York (CIS). Pionero en procedimientos franceses contra personas responsables de crímenes de lesa humanidad, especialmente en Ruanda y Serbia. También representó a las víctimas chileno-francesas del dictador Augusto Pinochet. En Senegal, en 2000, Bourdon presentó una denuncia penal y cargos de tortura y crímenes de lesa humanidad contra Hissène Habré en nombre de la FIDH (Federación Internacional de Derechos Humanos). A través de Sherpa y Transparencia Internacional trató de perseguir penalmente la compra de gran número de bienes inmuebles adquiridos en Francia por jefes de Estado africanos como Omar Bongo, Denis Sassou Nguesso y Teodoro Obiang. En 2014 publicó el "Pequeño libro de desobediencia civil", sobre el destino de los whistle-blowers o denunciantes y los riesgos a los que se enfrentan.

Su objetivo es que se reconozca el Ecocidio como el quinto Crimen Contra la Paz (junto con el genocidio, los crímenes de guerra, los crímenes contra la humanidad y los crímenes de agresión) y garantizar la gobernanza y la protección mundial contra algunos de los crímenes más flagrantes, delitos estatales y corporativos que causan o no previenen los desastres climáticos, así como otras catástrofes ecológicas. Aclamada como uno de los 10 pensadores visionarios más importantes del mundo por "The Ecologist", clasificada en el puesto 35 de las Top 100 mujeres que inspiran al mundo de la revista Salt (2016) y nombrada como Abogada del Planeta por los Premios Cambio (2010). Es fundadora de la Earth Law Alliance, de la Earth Community Trust y ha recibido un Doctorado Honoris Causa de la Escuela de Negocios Lausanne (2013). Su primer libro, “Erradicating Ecocide: leyes y gobierno para evitar la destrucción de nuestro planeta”, ganó el Peoples Book Prize en 2011.

Primer Fiscal Jefe de la Corte Penal Internacional (2003-2012), desde donde dirigió la investigación de abusos cometidos en Uganda, Sudán, R.D. Congo y Costa de Marfil. Famoso por su trabajo como fiscal adjunto ante la Cámara Federal de Apelaciones en lo Penal de Argentina, llevó a cabo el famoso Juicio a las Juntas de 1985, el primer proceso contra comandantes militares por el asesinato masivo de personas desde los Juicios de Núremberg. Actuó en el proceso contra parte del alto mando de la Policía de Buenos Aires por graves crímenes contra los derechos humanos. Dirigió la acusación contra los líderes de dos intentos de golpes de estado en 1987 y 1990, y también la acusación por incumplimiento de deberes militares contra el alto mando argentino por su actuación durante la Guerra de las Malvinas. En la actualidad dirige un bufete de abogados centrado en conflictos transnacionales y es Profesor en la Universidad de Buenos Aires. Ha colaborado también con el capítulo latinoamericano de Transparencia Internacional.

Fue Fiscal Antidroga en la Fiscalía especial para la prevención y represión del tráfico ilegal de drogas y el blanqueo de capitales. Pertenece a la Unión Progresista de Fiscales. Desde la Fiscalía de la Corte Penal Internacional, donde ejerció en 2011, preparó la documentación para procesar al fallecido dictador libio Muamar el Gadafi por crímenes contra la humanidad. En España, abanderó la lucha por la aplicación de la Jurisdicción Universal. Fue la primera fiscal que acusó por crímenes de lesa humanidad al represor argentino Adolfo Scilingo, que resultó condenado en el caso de los juicios de Madrid. Es autora de numerosos artículos y ensayos sobre Jurisdicción Universal y Terrorismo.